El nombre de Piérnigas ha dado lugar a discusión; para unos es una derivación de “piernas”, mientras que para otros lo es de “piorno”, que es un arbusto, por lo que Piérnigas significaría entonces lugar y campo de piornos, que en otros lugares se llaman codesos.
Piérnigas “nació” el 26 de agosto del año 1066, y uno de los testigos de su fundación fue el Cid Campeador, además en la fundación de Piérnigas intervinieron como agentes principales el rey Sancho II el Fuerte y el abad del Monasterio de San Salvador de Oña. La abadía de Oña era, al medio siglo de su fundación, una potencia religiosa, cultural y económica. El documento fundacional de la abadía, obra del conde don Sancho Garcés, ya establecía el monasterio sobre una amplia seguridad material que los siguientes reyes y los monjes trataron de aumentar.
Había un amplio espacio vacío entre Rojas, Quintanabureba y Moscadera, y al abad le pareció conveniente establecer un poblamiento para obtener mejores rendimientos en dicho espacio, y la abadía poseía el lugar de Villaverde, dado por el conde don Sancho en el año 1011. El padre abad informó al rey de sus propósitos y de que el punto elegido estaba próximo a Villaverde. El rey, que en la fundación también recibía su parte y sus derechos, autorizó la puebla y aprobó las exenciones que el monasterio de Oña se proponía a aplicar a favor de los labradores, artesanos o clérigos que vinieran a habitar en la villa que anunciaban. Con la alta aprobación del rey don Sancho II, Piérnigas nació en régimen de abadengo y en él perseverará hasta el siglo XIX. El abad de Oña era el señor de la villa cuyo concejal era autónomo en sus asuntos y mantenía con el monasterio unas relaciones políticas, sociales y religiosas.
El abadengo solía resultar más favorable para los pueblos que los regímenes señorial y realengo, quizá porque el mojne salía mayoritariamente del pueblo y conocía mejor sus necesidades. De acuerdo con el documento real, la nueva villa recibió a los primeros pobladores quienes se constituyeron en concejo y repartieron las “hojas” del término, señalando las tierras comunales, las del rey y las del monasterio. Se erigió una iglesia parroquial con el título de San Cosme y San Damián a cargo de un monje de Oña. En el año 1071 don Sancho II confirma la fundación de Piérnigas y su integración en Oña. Medio siglo más tarde, en el año 1133, Alfonso VII declara que entrega al monasterio de Oña la hacienda que, como rey, tiene en Piérnigas, excepto la parte que ya había regalado a su servidor Pedro Vélez.
En el año 1152 el obispo de Burgos traspasa los diezmos que le corresponden a la abadía de Oña, y un año después el concejo de Piérnigas dirige a la misma algunos impuestos opcionales. Mientras todo esto sucede en Piérnigas, hay que fijarse en la localidad vecina, Villaverde, que había sido fundada a finales del siglo IX. Villaverde fue incluida en el patrimonio de Oña en la fundación del monasterio de San Salvador, en el año 1011, cuando aparece señalada como “Villaverde, en Rojas”. Cuando la pequeña localidad de Villaverde desaparece es Piérnigas la que acoge a su vecindario y el Monasterio de Oña establece un solo término municipal. Piérnigas será unas de las villas de la cuadrilla de Rojas, unas de las siete de la merindad de la Bureba, que suman en total, en el año 1591, 2.491 vecinos, unos10.000 habitantes.
En los censos del siglo XVIII sigue en su secular situación, pacíficamente regida por el Monasterio de Oña. La localidad de Piérnigas llegó a conducir el gobierno de los alfoces con dependencia de Poza. Suprimidas todas las jurisdicciones en beneficio del Estado, la localidad de Piérnigas fue unida a la de Rojas, para ser más tarde separada de nuevo. En el año 1843 en la localidad de Piérnigas había 36 casas en las que habitaban 72 personas. Además de la iglesia parroquial y de la ermita de San Martín, veneraban a Santa Ana en su ermita. Como escribe el cronista oficial de la provincia, Fray Valentín de la Cruz, Piérnigas pertenece a la más rancia castellanidad; nació por decisión real y abadenga y vivió durante ocho siglos bajo uno de los focos más radiantes del momento, la abadía de San salvador de Oña.